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水环境监测分析主要包括化学法、物理法和生物法三种方法。前两种方法是环境监测部门常用的方法。化学方法有化学分析法和仪器分析法两种。化学分析法是基于物质的化学性质，适用于常数分析，设备简单，准确度高，但操作耗时；仪器分析方法是基于物质的物理或物理性质。根据化学性质，使用特定仪器进行分析。常用的有比色分析、分光光度分析、原子吸收光谱、色谱分析、电位分析、极谱分析和质谱分析。这些方法适用于快速分析和微量分析，但设备昂贵，样品制备复杂，无法进行现场分析。物理方法（如遥感技术）一般只能用于定性描述，必须与化学方法相结合，才能快速、大范围地描述水体状态。 生物法是根据生物体对环境的适应原理，通过测量水生生物的变化来间接判断水质。较常用的方法有： 1、指示生物法。指示生物是指生活在一定水环境中，当水环境质量发生变化时，会敏感地表现出损害甚至死亡的症状的生物。观察和测量指示生物和种群的变化，可以更准确地判断出环境质量状况。 2、群落结构法。群落结构是指自然界中一定范围（或区域）内存在的、相互依存的一定种类的动植物和微生物的组成。监测这种水生生物群落结构的变化可以确定水质状况。 3、生物试验法。也就是说，水生生物被污染物毒害后，通过生理机能变化的症状来判断水体污染状况。 4. 残毒测定法。生物体从环境中吸收各种污染物，通过体内迁移、转化和再分配，以残毒的形式在生物体内积累。生物体内的残留毒物含量往往比周围环境中相应的含量高出许多倍。生物体内残留毒物含量的测定可以确定水污染的状况。 近20年来，我们结合了一些常规的水质监测和环境影响评价现状监测，在珠江三角洲出海口门、山区水库、三角洲河网、伶仃洋等水域，开展与水质监测同步的生物监测、鱼类调查和蚝业产量调查。利用生物群落结构、生物多样性指数和水质指示生物的特征，总结出适合珠三角地区生物监测评价水污染程度的方法。我们还合理运用各种新的分析仪器和技术，形成了对水环境相关的水生动物、水生植物、底栖动物、着生生物、生物体残留毒物的监测分析能力，积累了很多经验和有价值的信息。 同时，我们也关注到，国内很多学者在利用生物方法监测水环境方面做了很多尝试。例如黄河兰州段：底栖动物种群分布和变异及其相关化学指标与水文特征的关系，总结了水生生物的生长和衰退，并对黄河兰州段进行了水质的生物学评价；苏州河：着生生物群落结构生态变化与水质的关系；黄浦江：着生藻类群落在水质监测中的应用，利用着生生物群落动态变化监测水质的研究等。愿与世界各国同仁交流，将生态学理论与环境监测技术紧密结合筛选出适合当地水域的指示生物和群落生物指标，建立生态监测指标体系，使水质监测手段更加完善。
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